Sundhedssekretariatet har ansvar for at koordinere og gennemføre forskellige administrative opgaver, som er en del af sundhedsaftalen. Dette inkluderer udarbejdelse af kommissorier og udpegning af medlemmer til midlertidige arbejdsgrupper.

Sekretariatet sørger også for, at relevante sager bliver behandlet i Sundhedsstyregruppen og Sundhedskoordinationsudvalget, samt at der er et solidt beslutningsgrundlag for disse sager. Derudover støtter Sundhedsaftalesekretariatet op om overvågning, kvalitetssikring og økonomisk opfølgning på de forskellige indsatser, samt den overordnede rapportering af sundhedsaftalen.

Sundhedsaftalesekretariatet:

• Rapporterer til Sundhedsstyregruppen og fungerer som dens stabsfunktion.
• Koordinerer og støtter arbejdet i midlertidige grupper under Sundhedsstyregruppen.
• Har beslutningskompetence i forhold til processer under sundhedsaftalen.
• Støtter koordineringen af klyngernes udviklingsinitiativer.
• Indgår i dialog med klynger.